太仓物流公司系统要素之间存在以下几种冲突

（1）要素目标冲突

①要素之间的目标冲突。包括运输、储存、包装、装卸、流通加工、昆山物流信息处理功能，这些要素独立存在时的目标存在相互冲突。

②要素内部的目标冲突。运输功能、储存功能、包装功能等要素都是昆山物流系统的子系统。如果将物流系统内部功能要素之间的目标冲突应用于任何一个功能要素的话，昆山物流系统要素内部也存在着类似的目标冲突。

③要素外部的目标冲突。物流系统是一个更大系统的子系统。环境中其他系统都与昆山物流系统一样有着特定目标，这些目标之间的冲突是普遍存在的。物流系统就是以这种方式同环境中其他系统发生联系。物流系统要素之间的目标冲突不能在要素这个层次得到协调，必须在比要素高一个层次的系统才能解决。

（2）要素产权冲突

一条供应链上的昆山物流系统由不同的产权组织组成。物流基础设施（载体）的产权的多样性与物流系统希望的载体产权的统一性产生矛盾。

（3）要素运作冲突

物流系统各要素都有各自的运作规律和标准，由此产生要素间的矛盾。